名侦探柯南剧场版16：犯人不在场证明讲述了柯南和他的伙伴们，在解决一系列复杂案件的过程中，巧妙地利用科学推理和推理能力，揭示了一个看似完美的不在场证明背后的真相。

故事发生在东京，一个看似平常的夜晚，柯南接到了一个神秘的电话。电话那头，一个自称是罪犯的人声称自己即将实施一场大型的恐怖袭击。柯南立刻意识到事情非同小可，于是他决定立刻行动，阻止这场灾难的发生。

然而，就在柯南他们赶到现场的时候，袭击并没有发生。相反，他们发现了一个看似无辜的男子，他声称自己就是那个即将实施恐怖袭击的罪犯。而这个男子的不在场证明，竟然是完美的。

为了揭露这个男子的真面目，柯南决定深入调查。他通过观察、推理和科学实验，逐渐揭开了这个男子背后的秘密。原来，这个男子并不是真正的罪犯，他只是一个被卷入这场阴谋的普通人。

柯南和他的伙伴们，凭借着自己的智慧和勇气，最终成功阻止了这场可能的灾难，并将真正的罪犯绳之以法。