在柯南怪盗基德特别篇中，一场神秘的计划正在悄然展开。在这场冒险中，柯南和他的伙伴们将面临前所未有的挑战。

特别篇以一起看似普通的盗窃案为引子，揭开了一个巨大的阴谋。柯南和怪盗基德这对老对手，在这场较量中，却不得不联手对抗更大的敌人。

在调查过程中，柯南发现了一个神秘组织，他们企图利用高科技手段，窃取全球的财富和资源。为了阻止这一阴谋，柯南和怪盗基德决定共同寻找线索，揭开这个组织的真正面目。

在寻找线索的过程中，柯南和他的伙伴们遇到了各种危险。他们不仅要面对敌人的追杀，还要解开一个个谜题，才能找到真正的幕后黑手。

特别篇中，柯南展现出了超凡的推理能力，一次次将敌人逼入绝境。而怪盗基德则以其独特的手段，巧妙地躲过了敌人的追捕。两人的默契配合，让这个神秘组织无法得逞。

在揭开真相的过程中，柯南发现了一个惊人的事实：原来，这个组织的幕后黑手竟然是自己的好友——工藤新一。为了保护柯南，工藤新一不得不隐藏自己的真实身份。

在最终的对决中，柯南和怪盗基德联手，成功阻止了神秘组织的阴谋。然而，他们也付出了巨大的代价。在这场冒险中，柯南和工藤新一的感情得到了升华，两人成为了真正的朋友。